وتمثل إدارة المحاكم الإدارة الأكثر أهمية في السلطة القضائية حيث تعمل على ترقية الأداء المالي والإداري في الرئاسة وفي الأجهزة القضائية بالولايات معاً . وتتكون من الإدارة الاتحادية بالرئاسة والإدارات الولائية على مستوى الولاية وتشمل الأقسام الآتية :-

1. قسم الشئون الإدارية .
2. قسم الشئون المالية .
3. قسم شئون الأفراد
4. قسم الإشراف الإداري

وتشتمل إدارة المحاكم في الولايات على الوحدات الإدارية الملحقة بالجهاز القضائي المعين .

الاختصاص الاتحادي لإدارة المحاكم :-

1. إعداد الميزانية السنوية ورفعها مع ميزانيات الأجهزة القضائية ، للجهات المختصة
2. تنفيذ الميزانية المصدق بها ووضع تقرير عن التطبيق الفعلي لها .
3. الإشراف على حسن سير الأداء بالرئاسة والأقسام التابعة لها .
4. التنسيق بين الأجهزة القضائية والوحدات التنفيذية الاتحادية .
5. حفظ الملفات العمومية والسرية للعاملين بها .

مستوى الاختصاص الولائي لإدارة المحاكم

على المستوى الولائي يعهد إلى إدارة المحاكم ما يلي :-

1. إعداد الميزانيات الكلية المقترحة لدى الأجهزة القضائية ومناقشتها مع الرئاسة قبل رفعها إلى الجهات المختصة .
2. تنفيذ الميزانيات المصدق بها في ووضع تقارير عن الإنفاق الفعلي .
3. ملء الوظائف الشاغرة المصدق بها ميزانيات الأجهزة القضائية المختلفة .
4. إدارة شئون العاملين في الأجهزة القضائية المعنية .
5. حفظ ملفات العاملين في الأجهزة القضائية المعنية .
6. الإشراف ومتابعة سير الأداء الإداري في الأجهزة الولائية المختلفة.
7. إعداد إحصائية عن المحاكم والمكاتب الملحقة بالأجهزة القضائية .

ويتضح من ذلك أن إدارة المحاكم تمثل الذراع الإداري والتنفيذي للسلطة القضائية في الربط والتنسيق بين الأجهزة القضائية والرئاسة .